Viện Sốt rét - KST - CT TP. HCM là đơn vị trực thuộc Bộ Y tế có chức năng, nhiệm vụ nghiên cứu khoa học, chỉ đạo tuyến trong phạm vi chuyên ngành phụ trách, đào tạo và đào tạo lại cho cán bộ chuyên ngành về sốt rét, ký sinh trùng, các bệnh do véc tơ truyền và các biện pháp phòng chống ở các tỉnh khu vực Nam Bộ - Lâm Đồng.
Năm 2014, Viện đã tổ chức thực hiện 15 đề tài nghiên cứu khoa học, trong đó có 01 đề tài cấp Bộ, 08 đề tài cấp cơ sở và 06 đề tài hợp tác với các tổ chức trong và ngoài nước. Nghiên cứu khoa học là một trong những nhiệm vụ trọng tâm của Viện, nhưng kinh phí đầu tư rất hạn chế. Trước tình hình đó, Lãnh đạo Viện đã chỉ đạo linh hoạt trong việc sử dụng kinh phí, lồng ghép hoạt động nghiên cứu khoa học với các hoạt động chuyên môn khác, đầu tư kinh phí thực hiện các đề tài từ nguồn tiết kiệm chi, các đề tài ở thực địa được thực hiện phối hợp với các chuyến công tác địa phương... Mặt khác, thông qua các đề tài hợp tác với các đơn vị trong và ngoài nước như kêu gọi đầu tư kinh phí từ các nguồn. Các đề tài nghiên cứu đều là những vấn đề có tính thời sự, có ý nghĩa thiết thực phục vụ công tác chuyên môn, góp phần giải quyết các khó khăn trong khu vực như: vấn đề sốt rét kháng thuốc, sốt rét dai dẳng; ký sinh trùng sốt rét kháng thuốc; sốt rét ở dân di biến động; giun sán ở các cộng đồng biên giới; nghiên cứu hiệu lực diệt véc tơ của các hóa chất, nghiên cứu hóa chất mới, các nghiên cứu về sinh học phân tử, miễn dịch của ký sinh trùng sốt rét… Các đề tài được nghiệm thu và đánh giá cao, được ứng dụng vào thực tiễn, trong phòng chống sốt rét, sốt xuất huyết, các bệnh do giun sán và côn trùng truyền ở khu vực Nam Bộ - Lâm Đồng.
Năm 2015, Viện tiếp tục tiến hành xây dựng các đề cương nghiên cứu khoa học, tập trung vào các vấn đề bức xúc hiện nay như sốt rét kháng thuốc, sốt xuất huyết, các bệnh do giun sán ở khu vực. Ngoài ra, Viện còn triển khai các hoạt động phục vụ nghiên cứu khoa học như: Xây dựng thư viện mẫu về ký sinh trùng và côn trùng, ngoại ký sinh.
Tiếp tục duy trì nuôi giữ ký sinh trùng P. falciparum, duy trì chủng P. berghei. Đồng thời thử thuốc nano artemisinin trên chuột nhắt trắng thực nghiệm với ký sinh trùng P. berghei. Đây là thành công bước đầu về kỹ thuật duy trì nuôi ký sinh trùng sốt rét trên động vật thực nghiệm. Tiếp tục nuôi giữ chủng Ae. Aegypti, An. dirus để phục vụ cho công tác nghiên cứu khoa học và thử nghiệm, khảo nghiệm hóa chất, và phục vụ giảng dạy.
Hoạt động nghiên cứu khoa học của Viện Sốt rét - KST - CT TP. HCM trong những năm qua đã đạt được những kết quả nhất định, tuy nhiên còn gặp nhiều khó khăn do hạn chế về kinh phí cũng như các nguồn khác. Định hướng trong thời gian tới Viện sẽ tăng cường đầu tư, đẩy mạnh công tác nghiên cứu khoa học; tăng cường phối hợp, kêu gọi các đề tài hợp tác với các đối tác trong và ngoài nước.